פני הארץ מגוונים מאוד עם הרים, יערות גשם, חופים יפהפיים עם חול לבן, ו-1,500 איים. בשֶבֶר דאריאן, המתחיל בפנמה סיטי ומשתרע משני צדי הגבול עם קולומביה, יש כ-48,000 קמ"ר של יערות גשם, אך רק מעטים מתושבי פנמה או מהתיירים מבקרים באזור, שאליו ניתן להגיע רק באמצעות סירה.
על שמורת טבע מרוחקת זו מאיימים הפיתוח העירוני וההצעה להאריך את הכביש הפאן-אמריקני כך שיעבור באזור זה.
הפרח הלאומי של פנמה הוא סחלב לבן שנקרא "פרח רוח הקודש". יש בפנמה יותר מ-1,400 מיני עצים, כולל העץ המרובע, שיש לו גזע מרובע וניתן למצוא אותו על ההרים שממערב לפנמה סיטי.
פנמה משמשת בית לבעלי חיים ייחודיים רבים, שאותם ניתן למצוא רק בפנמה. לקרפדה הפנמית הזהובה והמסתורית יש עור בוהק ונוצץ, ומקובל לחשוב שהיא מביאה מזל טוב. מספרן של הקרפדות הזהובות הולך ומתדלדל, וכך גם מספרם של צבי הים.
צבי הים הנודדים קיננו בפנמה במשך אלפי שנים, אך הזיהום, אבדן בתי הגידול, וציד צבי הים וביציהם, דלדלו את אוכלוסייתם.