ארכיאולוגים סבורים שבני האדם הראשונים הגיעו לקולומביה לפני כ-20,000 שנה. כעבור כ-8,000 שנה, הפכו המתיישבים בעמק המגדלנה שבחלקה המערבי של המדינה לציוויליזציה שנקראה הצ'יבצ'ה, וממנה לתרבות המוזאיקה, תרבות מתקדמת שבשנת 700 לספירה כבר הייתה הכוח הדומיננטי בקולומביה.
מגלי הארצות הספרדים הגיעו לקולומביה ב-1500, אך היישוב הראשון נוסד רק ב-1525. מתיישבים ראשונים אלה היו אחוזי אובססיה לגבי מציאת זהב ודברי ערך אחרים, וב-1538 הם כבשו את אדמתם של בני המוזאיקה וגזלו מהם את כל הזהב והתכשיטים. קולומביה נותרה תחת שלטון ספרדי כמעט 250 שנה.
לקראת סוף המאה השמונה-עשרה קצו תושבי קולומביה בשלטון הספרדי. ב-1811 הכריזה העיר קרטחנה על עצמאות, ובוגוטה באה בעקבותיה זמן קצר לאחר מכן. חיילים ספרדים ניסו ליטול בחזרה את השלטון ב-1815, אבל כוחות קולומביאניים בהנהגתו של הגנרל המפורסם מוונצואלה, סימון בוליבר, הביסו את הספרדים ב-1819.
לאחר שזכתה בעצמאות, הפכה קולומביה לחלק ממדינה גדולה שנקראה גרנדה החדשה. מדינה זו התפרקה ב-1835, וקולומביה הפכה לאומה נפרדת. במהרה החלו מאבקים בין קבוצות פוליטיות לגבי השאלה מי ינהיג את המדינה. מאז ידעה קולומביה מספר מלחמות אזרחים ותקופות מעטות יחסית של שקט.