יערותיה של אל סלבדור נכרתו כדי לספק עצים להסקה ולבניית בתים, וכדי לפנות שטחים למטעי הקפה. הדבר הביא להשמדת בתי הגידול של חיות הבר וצמחי הבר שבשטחה.
לאורך שפלת החוף גדלים עצי דקל ועצי פירות טרופיים, כמו מנגו, קוקוס ותמר הינדי, ובעלי חיים כמו ארמדילים, נחשים ואיגואנות מאכלסים את החוף הלח והחם.
למעלה בהרים, בגובה של 2,417 מטרים, על פסגתו של הר מונטה קריסטו, שוכן יער עננים בשמורת הטבע הבינלאומית אל טריפיניו. ממשלות גואטמלה, אל סלבדור והונדורס הקימו את השמורה כדי להגן על יער גשם זה.
יער העננים משמש בית לסחלבים ושרכים, וכן לקופי עכביש, יגוארים, דובי נמלים ומיני עופות רבים, כולל טוקנים ירוקים.