בעבר שוטטו ברחבי מרוקו פילים ואריות, אך הם נעלמו לצמיתות. לטאות, שממיות וזיקיות הן נפוצות, אך רוב היונקים הגדולים נעלמו. היונקים הנפוצים ביותר כיום הם גמלים, כבשים, עיזים, קופי מקוק ברבריים וחזירי בר.
שועל המדבר, קיפוד המדבר והיִרְבּוֹעַ חיים במדבר. עצי זית גדלים לרוחב המישורים השטוחים, ואלונים ירוקי-עד וארזים ענקיים נפוצים ביערות שעל ההרים.