בני אדם התיישבו בצפון אירופה לפני כ-10,000 שנה, לאחר שהסתיים עידן הקרח האחרון. האנשים הראשונים שדיברו בשפה שדמתה לגרמנית המודרנית חיו, כנראה, באזור לפני כ-5,000 שנה. עם זאת, עברו אלפי שנים עד שנוצרה גרמניה.
גרמניה הקדומה הייתה מקבץ של מדינות קטנות שנשלטו על ידי דוכסים ומלכים. אולם בשנת 1871 אוחדה המדינה, באמצעות כוח ובריתות, על ידי פוליטיקאי בשם אוטו פון ביסמרק.
החל בשנות ה-70 של המאה ה-19 התחילה בגרמניה התארגנות פוליטית של האנטישמיות המודרנית, שהושתתה גם על הגזענות. בשנות ה-80 וה-90 זכו המפלגות האנטישמיות להישגים בגרמניה. האנטישמיות המשיכה להתפתח במאה ה-19 ואף חדרה בצורות שונות למפלגות הגדולות.
בסוף המאה ה-19 החלה גרמניה להתחרות עם מדינות אירופה האחרות על הקמת מושבות באפריקה ובאסיה. מתחים אלה הובילו ב-1914 למלחמת העולם הראשונה, הסכסוך הקשה ביותר שידע העולם עד אז. בתקופה זו שוב התגברה האנטישמיות.
גרמניה ובעלות בריתה הפסידו במלחמה לטובת בריטניה, צרפת וארצות הברית. עם התבוסה הוקמה הרפובליקה הגרמנית הסוציאליסטית, רפובליקת ואיימר, שבראשה עמד הנשיא, פרידריך אברט. כעת נפתח עידן חדש בתולדות יהודי גרמניה, מצד אחד הם השתלבו באופן חסר תקדים בכול תחומי החיים, ומנגד החריפה האנטישמיות הפוליטית. הקיצונית במפלגות האנטישמיות הייתה המפלגה הנאציונל-סוציאליסטי, המפלגה הנאצית.
הרפובליקה הגיעה לקצהּ ב-30 בינואר 1955, עם עליית אדולף היטלר לשלטון.
מיד אחרי מינויו של היטלר החלו המפלגה הנאציונל-סוציאליסטית וארגוניה הצבאיים-למחצה, בעיקר הס"א והס"ס, במסע אלים להשתלטות על כול מוסדות המדינה והחברה, ולהפיכת גרמניה למדינה טוטליטרית.
ב-7 באפריל נחקקו חוקים נגד היהודים שביטלו את עקרון שיווי הזכויות שהובטח ליהודים בחוקת גרמניה מאז 1871. הדבר התאפשר מבחינה משפטית בתוקף חוק ההסמכה מיום 24 במרץ 1933, שנתן לממשלה סמכויות דיקטטוריות, תחילה לארבע שנים ואחר כך ללא הגבלה. בתוקף חוק זה פעל המשטר לביטול החירויות הדמוקרטיות של הרפובליקה ואגב כך לפיזור המפלגות והארגונים הפוליטיים.
המדיניות האנטי-יהודית התנהלה בשני מישורים מקבילים: בחוקים, בצווים מנהליים ובטרור מנהלי, ובפעולות טרור "ספונטניות" וביצירת אווירה אנטי-יהודית בקרב האוכלוסייה.
צעדי התפשטות השלטון הנאצי, הרייך השלישי, התחילו במרץ 1938, עם סיפוח אוסטריה, ונמשכו בסיפוח חבל הסודטים מצ'כוסלובקיה באוקטובר אותה שנה, בכיבוש צ'כיה כולה במרץ 1939 ובפלישה לפולין, בספטמבר אותה שנה. בכך התחילה מלחמת-העולם השנייה.
משנת 1938 התרחבו רדיפות היהודים לרוב ארצות אירופה שהגרמנים כבשו, והן התגבשו לכדי תוכנית "הפתרון הסופי", להשמדה שיטתית של יהודי אירופה.
שלא כבהרבה ארצות באירופה לא הוקמו בגרמניה גטאות; מדיניות ההפרדה של היהודים מהאוכלוסייה הגרמנית הוגשמה על-ידי הגבלות על תנאי הדיור, שהביאו להוצאת היהודים מבתיהם וריכוזם בבתי יהודים מיוחדים. יהודים "כשירים לעבודה" חויבו בעבודות כפייה. במקביל נמשכו מאסרים ושילוח היהודים למחנות ריכוז בארצות סמוכות.
באוקטובר 1941 החלו הגירושים ההמונים השיטתיים שהביאו לידי חיסולה של יהדות גרמניה. היהודים גורשו בעיקר לגטאות לודז' וורשה בפולין, וכן לריגה, לקובנה ולמינסק בשטחים שנכבשו מברית-המועצות.
בשנים 1943-1942 גורשו מגרמניה רבבות יהודים במישרין למחנות ההשמדה, בעיקר אושוויץ.
השמדת יהודי אירופה היא אולי היחידה בין המטרות המרכזיות של הנציונל-סוציאליזם שהגיעה כמעט למימושה המלא. "הרייך השלישי שם קץ ל-1,000 שנות ההיסטוריה היהודית בגרמניה". דברים אלה, שאמר הרב ליאו בק כבר בשנת 1933 התממשו בצורה שלא ניתן היה לשער את מלוא משמעותם הטרגית.
מלחמת העולם השנייה באירופה הסתיימה אחרי חמש שנים ושמונה חודשים עם כניעת גרמניה ללא תנאי, ב-8 במאי, 1945, לבעלות הברית. המלחמה הזו הייתה ההרסנית והאכזרית ביותר בתולדות האנושות: יותר מ-60 מדינות היו מעורבות בה, כ-110 מיליון חיילים השתתפו בה ומעריכים שהיא גבתה כ-60 מיליון קורבנות, ביניהם שישה מיליון יהודים, קורבנות השואה. שטחים גדולים, ערים וכפרים שלמים ברחבי אירופה נחרבו ומיליוני אנשים איבדו את בתיהם.