אגם מנגואה הוא האגם היחיד שבו חיים כרישים במים מתוקים. כרישים זמבזיים מגיעים לאגם לאחר שהם שוחים במעלה נהר ריו סן חואן מהאוקיינוס האטלנטי. הכרישים מסוגלים להסתגל למים מתוקים, אך כיום נדיר למצוא אותם באגם.
בניקרגואה חיות אקזוטיות רבות, כמו טוקנים, נחשים רבי-חנק מצויים, קופים, חזירי בר, יגוארים ועצלנים. תחשי נהרות, צבי ים וצבים ירוקים שוחים בשמורה הביולוגית קיוס מיסקיטוס ובשוניות האלמוגים של האיים הסמוכים לחופי הים הקריבי.
יש יותר מ-70 אזורים מוגנים במדינה, שמסייעים לשמר את בתי הגידול של מינים רבים המצויים בסכנת הכחדה. בשמורה הבִּיוֹ-סְפֶרִית בוסאוואס יש יער עננים שמספק הגנה ל-12 סוגים של נחשים ארסיים.
הסכנות החמורות ביותר לשלום הסביבה בניקרגואה הן הרס היערות, סחף האדמות וזיהום המים.